1、高压均质机按结构形式分为立式整体型均质机和卧式组合型均质机。前者一般适用于中小型设备（功率在45kw以下）；后者适用于大型设备（功率在45kw以上）。目前国内大多数厂家生产的都是立式整体型均质机。这种型式结构紧凑，外形美观占地面积小。但对大型设备而言，稳定性就成了主要的问题。所谓卧式组合型均质机指的是电机、减速箱、曲轴箱、润滑站等相对独立成块，并分布在同一水平面上，通过皮带（轮）、联轴器、油管等连成一体。整机重心低、运转平稳、检修方便。
2、高压均质机按柱塞每分钟的往复次数分为普通型均质机和低速型均质机。均质机曲轴的转速(即同比决定柱塞的往复频率)是决定整机性能的zui关键的因素之一。在材质、加工精度、结构等相同的情况下，在一定范围内转速越低，则各磨擦副(如轴与瓦、柱塞与密封等)在单位时间内的磨损度、泵体内各受力零件(如阀芯、阀座等)在同等时间内的损坏程度均大幅度降低，且设备运转的稳定性也大大提高。所以该系列特别适合于长时间使用的场合。
3、高压均质机按控制方式可分为手动控制式、手调液力控制式以及自动液压控制式。目前，手动控制式在市场上占主导地位。如果整条生产线都是自动控制的，可选用全自动控制均质机。
4、高压均质机按均质机在生产线上的位置可分为上游均质机和下游均质机。一般在灭菌前使用的均质机称上游均质机，在灭菌后使用的均质机称下游均质机。通常前者采用一般的均质机即可，而后者要采用无菌均质机。所谓无菌均质机，就是将均质机柱塞处的动密封泄漏点以及进出口的静密封处的泄漏点通过蒸汽(或过热水)与大气隔绝，这样的均质机可作为无菌设备在杀菌后使用。
